樣本處理室能夠集中和有系統地處理香港國家地質公園從本地和海外收集而來的岩石、礦物和化石樣本。所有樣本會送到這裏進行鑑定和分類，工作人員其後會將有關資料（如名稱、種類、採集地點和地質年代等）記錄在資料庫中，並編製分類卡，最後將樣本連同分類卡一併儲存於櫃內。建立樣本資料庫後，工作人員可方便地搜尋樣本及安排展出。

註：不對外開放